Nesse Programa, foram estabelecidas as diretrizes estratégicas a serem observadas por projetos e planos de ação governamentais e não-governamentais, com o objetivo de promover a conservação, a restauração, a recuperação e o manejo sustentável do Cerrado, bem como a valorização e o reconhecimento de suas populações tradicionais, buscando condições para reverter os impactos socioambientais negativos do processo de ocupação tradicional.
A estratégia de funcionamento do Programa foi definida em torno de onze componentes de ação, dentre os quais o de planejamento integrado, que prevê a elaboração do Macrozoneamento Ecológico-Econômico do bioma Cerrado para priorizar e orientar as ações do poder público e do setor privado visando a conservação e o uso sustentável dos recursos naturais do bioma.
Seguindo as diretrizes estratégicas do Programa Cerrado Sustentável, o Ministério do Meio Ambiente iniciou, em 2009, a elaboração do Plano de Ação para Prevenção e Controle do Desmatamento e das Queimadas no bioma Cerrado (PPCerrado), o qual passou por consulta pública e foi amplamente discutido em oficinas e reuniões com representantes da sociedade civil e dos governos estaduais.
Com os compromissos nacionais voluntários de redução das emissões de gases de efeito estufa, apresentados pelo País na 15ª Conferência das Partes à Convenção-Quadro das Nações Unidas sobre Mudança do Clima, em Copenhague, e afirmados na lei federal nº 12.187/2009, sobre a Política Nacional de Mudança do Clima, o governo brasileiro decidiu ampliar sua intervenção sobre o Cerrado e coordenar ações de vários ministérios e governos estaduais no intuito de conciliar a redução das taxas de desmatamento ao desenvolvimento socioeconômico do bioma.
Nesse sentido, foi editado o decreto de 15 de setembro de 2010, instituindo o PPCerrado e, entre outras ações, prevendo a realização do Macrozoneamento Ecológico-Econômico do bioma Cerrado, instrumento fundamental para o planejamento territorial do Cerrado.

Com efeito, o aumento da demanda por commodities brasileiras e a necessidade de diversificação da matriz energética a partir da expansão dos agrocombustíveis, em especial o etanol, resultarão na expansão da fronteira agropecuária, alterando significativamente a escala e o perfil da produção e impactando diretamente o desenho das redes logísticas e o estágio de conservação dos recursos naturais. Nessa perspectiva, o Cerrado terá seu território especialmente disputado e impactado, demandando um planejamento que possa responder a essa dinâmica por meio de estratégias e diretrizes que pressuponham o uso racional de seus recursos.
Ao mesmo tempo, a diversidade social, econômica, cultural e ambiental do Cerrado, de forma complexa e difusa, constitui fator estratégico de sua inserção no cenário contemporâneo. A valorização dessa diferença, por intermédio da identificação e uso das potencialidades do território, repõe, em novos termos, o processo de desenvolvimento regional e nacional, ajustado pela ótica de oportunidades e compromissos com a sustentabilidade econômica, política e ambiental.
Desse modo, a oportunidade que se abre demanda instrumentos públicos de sistematização e divulgação da informação e de reorientação da dinâmica de ocupação do território, capaz de promover uma regulação ágil dos vários interesses em jogo. A necessidade de instrumentalizar o poder público para planejar e gerir a diversidade de um País das dimensões do Brasil deve ser considerada, portanto, a partir de dois desdobramentos, quando visto sob o prisma da gestão territorial: político-estratégico e técnico-científico.
Sob o primeiro aspecto, questões prioritárias precisam ser respondidas de imediato frente às novas demandas do desenvolvimento e da emergência, no cenário mundial, de temas como as mudanças climáticas. Por conseqüência, a expansão da agroenergia, a demanda por recursos hídricos, a pressão pelo acesso aos recursos naturais e a implantação de grandes infra-estruturas econômicas alteram a dinâmica territorial e exigem respostas consistentes do poder público para que este não fique à deriva diante de ações setoriais.
Sob o segundo aspecto, tais questões emergentes demandam informações territoriais sistematizadas e integradas para apoiar minimamente os processos de formulação de políticas públicas e a tomada de decisão sobre seu território.
Tal panorama demanda e justifica a adoção de políticas e medidas voltadas para a compatibilização das diversas ocupações, estrategicamente ancoradas em uma visão nacional e tendo a sustentabilidade como premissa. Nesse sentido, o Macrozoneamento Ecológico-Econômico do bioma Cerrado, cuja conclusão está prevista para o primeiro semestre de 2013, credencia-se como instrumento privilegiado a construir o conhecimento integrado das várias escalas e dimensões que compõem o território deste importante bioma brasileiro, proporcionando base técnico-científica e negociada para o ordenamento de seu uso e ocupação.