O Programa de Ação Federal para a Zona Costeira do Brasil (PAF-ZC) concebeu a Agenda Ambiental Portuária (AAP) como instrumento norteador das ações governamentais voltadas para a modelagem de um ambiente portuário saudável, seguro e que respeite o meio ambiente.
A Comissão Interministerial para os Recursos do Mar (CIRM) através da resolução CIRM 006/1998 criou a Agenda Ambiental Portuária, estabelecendo o marco regulatório da estrutura institucional relativa aos agentes implicados do setor e definindo os temas incidentes no estado do meio ambiente nas áreas portuárias.
No escopo da gestão ambiental portuária, a AAP é um instrumento que expressa as diretrizes de promoção e melhoria da qualidade ambiental, com vistas à sustentabilidade. Estas diretrizes emanam da legislação geral, instruções normativas e resoluções que regram a política de gerenciamento costeiro, e também de convenções e acordos internacionais ratificados pelo Brasil. Agregam também as normas que regem iniciativas voluntárias de certificação ambiental, traduzidas para a realidade de cada porto de forma participativa e negociada entre os diversos segmentos interessados.