A gestão do Programa Bolsa Verde fica a cargo de Comitê Gestor, coordenado pelo Ministério do Meio Ambiente, com participação de representantes da Casa Civil da Presidência da República – CC/PR e dos Ministérios do Desenvolvimento Social - MDS, do Desenvolvimento Agrário - MDA,da Fazenda - MF e do Planejamento, Orçamento e Gestão. - MPOG A amplitude da parceria demonstra o grande arranjo governamental do Programa, que também conta com a participação dos agentes federais responsáveis pela gestão das áreas, dentre os quais o Instituto Chico Mendes para a Conservação da Biodiversidade - ICMBio, Incra e Secretaria do Patrimônio da União - SPU.
Os gestores locais do Programa - gestores das unidades de conservação, superintendências regionais do Incra e superintendências de patrimônio da União nos Estados, são responsáveis por coletar a assinatura dos termos de adesão ao Programa das famílias previamente identificadas e que atendam às condicionalidades socioambientais. Além disso, integram a força-tarefa de identificação das famílias na condição de extrema pobreza e que ainda não estão incluídas no Cadastro Único de Programas Sociais do Governo Federal – CadÚnico e nem no banco de Busca Ativa e prestam apoio local para a implementação do Programa, como, por exemplo, em ações de monitoramento ambiental.
A transferência de recursos do Programa Bolsa Verde está condicionada ao cumprimento dos compromissos assumidos pela família beneficiária para a conservação ambiental local e o saque pode ser realizado nas agências da Caixa Econômica Federal mediante a apresentação do cartão do Bolsa Família.