A biodiversidade do Pantanal é exuberante: o bioma abriga pelo menos 4.700 espécies conhecidas, entre animais e plantas.

O Pantanal é habitat de uma grande variedade de espécies animais: foram registrados na região 263 espécies de peixes, 113 de répteis, 41 de anfícios, 463 de aves – como a ave-símbolo do Pantanal, o tuiuiú – 1.032 de borboletas e 132 espécies de mamíferos, sendo 2 endêmicas.

De acordo com informações da Embrapa Pantanal, das espécies de peixes registradas no Pantanal, mais de 85% pertencem à ordem Ostariophysi, da qual fazem parte o pacu, o dourado, a tuvira, o pintado, a cachara e o cascudo. 

Ainda segundo a Embrapa Pantanal, quase duas mil espécies de plantas já foram identificadas no bioma e classificadas de acordo com seu potencial, e algumas apresentam vigoroso potencial medicinal.