O Decreto nº 4.339, de 22 de agosto de 2002 determina que o Ministério do Meio Ambiente , por intermédio do Pronabio, deve coordenar a implementação dos princípios e diretrizes da Política Nacional da Biodiversidade, mediante promoção da parceria entre o Poder Público e a sociedade civil para o conhecimento e conservação da biodiversidade, utilização sustentável de seus componentes e repartição justa e eqüitativa dos benefícios derivados.
Em face disso, o Decreto nº 4.703, de 21 de maio de 2003, alterou o Pronabio, adequando-o aos princípios e diretrizes para implementação da Política Nacional da Biodiversidade. Além disso, revogou o decreto nº 1.354/1994 e estabeleceu a Comissão Nacional da Biodiversidade (Conabio).
A Conabio é composta por representantes de órgãos governamentais e organizações da sociedade civil e tem um relevante papel na discussão e implementação das políticas sobre a biodiversidade. Compete à comissão promover a implementação dos compromissos assumidos pelo Brasil junto à CDB, bem como identificar e propor áreas e ações prioritárias para pesquisa, conservação e uso sustentável dos componentes da biodiversidade.