O Projeto Corredores Ecológicos vem sendo construído dentro do Ministério do Meio Ambiente (MMA) desde 1997, no âmbito do Programa Piloto para a Proteção das Florestas Tropicais no Brasil. Este Programa lida com a dinâmica da fragmentação e promove a formação e a conservação de grandes corredores na Amazônia e na Mata Atlântica.
O Projeto passou por um longo processo de elaboração. Em 1993, no IBAMA, recebeu o nome de Parques e Reservas e foi objeto de várias discussões, sendo que em 1995 uma equipe de consultores, contratada pelo Banco Mundial e liderada por Márcio Ayres e Gustavo Fonseca, apresentou uma primeira proposta sugerindo que fosse testada a implementação de corredores ecológicos. Essa proposta se baseava na viabilização da conservação da diversidade biológica em longo prazo a partir do manejo de grandes extensões de terra na Amazônia e na Mata Atlântica, propondo assim uma concepção inovadora para o País no contexto de conservação da biodiversidade.
No processo de discussão dessas propostas, havia a busca por procedimentos que avançassem além do simples financiamento da implementação de unidades de conservação por meio da elaboração de seus planos de manejo, investimento em infra-estrutura e capacitação de pessoal. O Projeto propunha construir quadros econômicos, sociais e políticos sustentáveis para conservar a biodiversidade nos corredores.
Foram identificados sete grandes corredores, representando cerca de 25% das florestas tropicais úmidas do Brasil, dos quais cinco localizam-se na Amazônia (Corredor Central da Amazônia, Corredor Norte da Amazônia, Corredor Oeste da Amazônia, Corredor Sul da Amazônia, Corredor dos Ecótonos Sul-amazônicos) e dois na Mata Atlântica (Corredor Central da Mata Atlântica e Corredor Sul da Mata Atlântica ou Corredor da Serra do Mar).
Com o propósito de testar e abordar diferentes condições nos dois biomas escolheu-se o Corredor Central da Amazônia e Corredor Central da Mata Atlântica, de acordo com os seguintes critérios:
- Integridade da paisagem natural
- Abundância e riqueza de espécies
- Grau de ameaça dos grupos de organismos mais conhecidos
- Ocorrência de espécies endêmicas
- Diversidade de ecossistemas e comunidades de espécies
- Potencial de conectividade entre comunidades terrestres e aquáticas
Em função da complexidade da estratégia, iniciou-se um processo de discussão e ajustes sucessivos, com a realização de seminários, reuniões, emissão de pareceres técnicos por parte de especialistas e organizações não-governamentais.Uma segunda versão dessa proposta foi objeto de extensas discussões no âmbito de um grupo técnico com representantes do IBAMA, dos Estados do Amazonas, Espírito Santo e Bahia, Fundação Nacional do Índio - FUNAI e de organizações não governamentais atuantes nos Biomas Amazônia e Mata Atlântica, com o objetivo de analisar detalhadamente a proposta elaborada pelos consultores.
Foram elaboradas várias versões do PCE e ocorreram extensas discussões que envolveram, além do grupo técnico acima referido, representantes do Banco Mundial (gestor do Fundo Fiduciário para a Proteção de Florestas do Brasil/RFT), KfW, GTZ e Comunidade Européia- CE, instituições que se propunham a financiar o projeto. Após o trabalho do Grupo Técnico, a responsabilidade pelo Projeto passou para o MMA, que designou a Secretaria Executiva - SECEX como responsável por sua execução. Uma versão final sob responsabilidade da SECEX foi objeto de appraisal no fim de novembro e início de dezembro de 2000. Hoje, o PCE encontra-se vinculado ao Departamento de Áreas Protegidas da Secretaria de Biodiversidade e Florestas.
Uma das características do processo de elaboração do projeto foi a intensa participação da sociedade civil organizada, com representantes de organizações atuantes na Amazônia e na Mata Atlântica. Todas as circunstâncias acima descritas resultaram em algumas características do Projeto importantes em sua implementação, assim como a decisão e a execução descentralizada, inovações importantes que foram testadas pelo PCE.
O acordo de doação entre o MMA e o Banco Mundial foi firmado em dezembro de 2001, e a efetivação do Projeto se deu em março de 2002. No final de 2005, encerrou-se a primeira fase do projeto, dedicada ao planejamento e ao estabelecimento da estrutura institucional, que delibera sobre assuntos técnicos e uso dos recursos de forma descentralizada, com a participação dos atores locais (estados, municípios, sociedade civil e órgãos governamentais e não governamentais que atuam na área do corredor). O ano de 2006, foi de transição entre a 1º e a 2º fase, caracterizando-se o ano de 2007, como de implementação de ambos os corredores.
