O Projeto Corredores Ecológicos tem um modelo de gestão participativo, valorizando a interação entre a sociedade civil, governos estaduais e municipais e instituições do governo federal. Sendo assim, a estrutura institucional do projeto busca ampla participação e um processo decisório descentralizado envolvendo além da União e dos estados, na função de mobilizadores, a sociedade civil e os responsáveis pelas ações de conservação da biodiversidade e uso dos recursos naturais participando nos Comitês de Gestão e como executores das ações do Projeto.

Para garantir a efetividade dessa estrutura foram firmados Acordos de Cooperação Técnica entre o Ministério do Meio Ambiente (MMA) e os estados da Bahia, Espírito Santo e Amazonas, entre o MMA, IBAMA e ICMBio e entre MMA e FUNAI, envolvendo a implementação do Corredor Central da Mata Atlântica (CCMA) e do Corredor Central da Amazônia (CCA).

Esta forma de gestão do Projeto Corredores Ecológicos envolve vários tomadores de decisão que atuam em conjunto para promover a conservação da diversidade biológica. O sistema de gerenciamento do Projeto divide-se em quatro esferas de ação: gerenciamento estratégico, deliberativa, operacional e executiva.