As Diretrizes atualmente em vigor foram pactuadas na II Oficina Nacional de Trabalho, realizada em setembro de 2008, homologadas pelo Comitê Gestor em 2009. É o documento mais importante da CI, no qual estão registrados o seu objetivo, linhas de fomento; princípios a serem observados na elaboração de projetos; atividades que a CI não apóia; exigências legais para apresentação de projetos; procedimentos de análise e deliberação; funcionamento das instâncias de decisão, dentre outros assuntos. A leitura do documento Diretrizes é fundamental para a boa qualidade de um projeto.
É importante, também, a leitura do Manual de Prestação de Contas durante a elaboração do projeto (para saber os itens que a CI pode custear), antes e depois de sua execução,caso seja aprovado. Este Manual contém as informações e roteiro para a elaboração dos Relatórios Técnico e Financeiros, de forma a garantir o bom uso e a prestação de contas dos recursos públicos recebidos pelos projetos.
| Diretrizes |
| Roteiro para elaboração de projetos |
| Manual de Prestação de Contas da Carteira Indígena |
